原作のあらすじは以下の通り。
結婚式のために小五郎達と乗った新幹線で、コナンは黒ずくめの男達と出くわした。思わずたじろぐが、彼らは子供のコナンに注意を払わない。二人の会話を盗聴すると、驚くべき計画が進んでいた。車内で取り引きしていた相手のカバンに、爆弾が仕掛けられているのだ!! 爆発時刻は40分後。爆弾の話を車掌にするが、信用してくれない。やむなく、コナンは自分で探し出すことを決意する。盗聴した会話を手がかりに、突き止めた先は、二階のグリーン車！ そこには、黒いカバンを持つ四人の男女がいた。刻々と時がせまる中、コナンはある決心をするが…
主要メンバーや容疑者以外だと以下の黒ずくめの組織の男たちが登場する。
食堂車で金の情報に関する取引をして4億円を手に入れる。なぜか爆弾で取引相手もろとも新幹線を木っ端微塵にしようとする過激な男。
のちに海猿島の火災を消防艇が消火に来て騒ぎになった際、RUM経由であの方から「少々目立ち過ぎだ」とお叱りを受ける事態になっていたが、新幹線を爆破するのは目立たないのだろうか。絶対怒られるだろ。
そして、名古屋駅でそそくさと下車する。ベルツリー急行殺人事件でも名古屋で待ち構えていたが、ジンの兄貴は名古屋が好きなんですかい？
ジンが取引相手のスーツケースに爆弾仕込んだことを知らなかった様子だった。冷静に考えて自分たちが乗っている時に爆発するかもしれない爆弾を取引相手に渡すわけがないと考えるとウォッカも内心穏やかじゃなったはず。すぐに三下ムーブをかましてジンをおだてつつ、爆弾の存在と爆発する時間を引き出し、第三者へそれらを伝えることに成功した（MVP）。
コナンが黒ずくめの男たちの席に盗聴器を包んだガムをしかけていた。ジンが不審がるもウォッカが「前の客が入れたガムで無害である」ことをアピール。コナンへの情報提供へアシストした。
ジンは盗聴器絶対気づくマンなのだが、ここではスルー。盗聴器をスルーさせられたのは後の展開に大きく貢献している。
ウォッカ「じゃ、じゃあ… もし奴があのケースを 今、落としてもしたら…」 ジン「心配するな… あれは奴にとってやった手に入れた大事な情報だ… そんなヘマはしないさ…」
いや、ジンの取引相手への絶大な信頼は何なんだ。どう考えてもウォッカの心配が正しい。誤作動で爆発したらどうするんだ。
冒頭でウォッカが「楽な取引でしたね」って話しはじめたのに対して、すぐにジンは「シッ！声が高いぞ」と言ってウォッカをたしなめていた。
ただ、その直後にジンは、取引相手に爆弾を渡したことや爆発する時間をベラベラと話してしまう。お前も声が高いぞ！
アニメは半年ほどの終了予定で構成されていたらしく、アニメ初期は黒ずくめの組織関連は省略や改変されている。
今回の話では、黒ずくめの男たちのコードネームが分かる重要な回であったが、アニメではジンとウォッカは上田と下田という人物にそれぞれ置き換えられ、黒ずくめで後ろ姿は彼らそのものではあるものの顔が別人に変更されている。 そのため、コードネームをコナンが知るタイミングは存在しないまま話が進んでいくが、視聴者向けには「霧天狗伝説殺人事件」の冒頭で無理やり「これまでのあらすじ」という形でコードネームの情報が知らされる。アニメのコナンがどこで彼らのコードネームを知ったのかは不明。
ジンとウォッカに代わり以下の人物が登場した。
上田
ジンに変わって上田という名前の男。CVが梁田清之氏、のちの初代キャメル捜査官である。ウォッカ代役の下田役だったらと少々悔やまれる。
本来この事件ではジンがかなり無茶をしているのだが、すべて身代わりになってくれたため、アニメのジンでの株は下がらずにいる。
下田
ウォッカの代役。特筆することはない。
改変箇所は多いが、大まかには以下の通り。
ウォッカが適度にコナンにアシストしてくれたおかげで新幹線の大爆破は阻止できた。これが成功していたら、あの方にお叱りを受けるだけじゃすまなかったのではないだろうか。
アニメの改変のおかげで、ジンのやらかしのようなものがすべて上田の失態になったため、ジンは株も下がらずに済んだ。